日本商工会議所は12月17日、消費税の軽減税率制度導入による混乱を避けるため、政府・与党が取り組むべき対策について意見書を取りまとめ、政府・与党など関係各方面へ提出した。21日には、日商の三村明夫会頭が首相官邸に菅義偉内閣官房長官を訪ね、直接意見書を手交。三村会頭は、「多くの中小企業に影響が出る。スムーズに制度を実施させなくてはならない」と述べ、必要な対策の確実な実施を要請した。菅官房長官は「しっかりと取り組んでいきたい」と述べた。

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意見書は、12月16日に決定した平成28年度与党税制改正大綱に、平成29年4月からの消費税の軽減税率制度の導入や、平成33年4月からのインボイス制度の導入などが盛り込まれたことを受け、取りまとめたもの。 意見書では、導入まで約1年3カ月という極めて短期間に中小企業をはじめ飲食料品を購買する全ての事業者が経理処理などの変更を余儀なくされると強調。対象品目の線引きや区分経理の方法など、軽減税率制度の詳細を早急に明らかにするとともに、全ての事業者において対応が必要なことから、政府内に総合対策本部を設置するなど、国を挙げて府省庁横断的に対応できる体制を整備すべきとしている。